Urodził się, jako trzecie dziecko z czworga dzieci, 1 stycznia 1863 roku w domu rodzinnym przy ulicy Oudinot 20, w 7 dzielnicy Paryża. Był potomkiem francuskiej gałęzi włoskiego rodu de Fredych, której protoplastą był szambelan Ludwika XI, Pierze de Fredy sieur de la Motte. Drugi człon nazwiska został przyjęty od nazwy należących do rodziny, od 1577 r. dóbr Coubertin, położonych trzy mile od Wersalu. Edukację szkolną pobierał w jezuickim Liceum św. Ignacego, przy ulicy de Madrid w Paryżu. 21 października podjął studia w Szkole Nauk Politycznych, które ukończył 25 września 1885 r. Ostatecznie uzyskał trzy bakalaureaty: nauk humanistycznych (1880), nauk ścisłych (1881) i prawa (1885). Jednakże pogłębienie wiedzy czy też dążenie do ukończenia edukacji akademickiej w pełnej formie nie było celem młodego barona. Krótkim epizodem był w międzyczasie jego pobyt w słynnej wojskowej szkole Saint-Cyr, z której zrezygnował bezpośrednio po zakwalifikowaniu się. Wyraźnie kariera, wojskowa czy polityczna, która tradycyjnie podążała arystokracja francuska, nie odpowiadała mu.

W swoich zainteresowaniach kieruje się głosem powołania. Pragnie dokonać dzieła reformy systemu kształcenia i wychowania młodzieży francuskiej. W szranki pedagogiczne wkracza już w 1887 r. Interesuje go wszystko, co wiąże się z systemem kształcenia i wychowania młodzieży. Za główną wadę obowiązującego systemu szkolnego uważał encyklopedyzm, przeładowanie programu nauczania faktami mało znaczącymi, brak ładu w formalnej strukturze oświaty i szkolnictwa oraz nowoczesnej koncepcji programowej. Koncentrując swoją uwagę głównie na szkole średniej, której program - zdaniem Coubertina - przeładowany był wiadomościami bezużytecznymi, werbalnymi, opartymi na metodzie pamięciowej co powodowało, że charakteryzował ją schematyzm, nuda i jednostronna dbałość o rozwój intelektualny, postulował nasycenie jej działalności sztuką i wychowaniem estetycznym. Wynikiem tych przemyśleń stał się artykuł, Przeciążenie (Le surmenag) zamieszczony w "Le Fraçais", o konieczności reformy edukacji francuskiej.